Trois principales religions cohabitent dans presque tous les arrondissements de la commune. L´animisme ou la religion traditionnelle, comme partout ailleurs au Bénin, est la toute première religion pratiquée par les populations. Ses adeptes, dans la commune de Sèmè-Podji, adorent des divinités comme les Vodouns, Awhangan, Agboé, Hunvè et Lègba représentés par des éléments de la natrure.

Cette religion est de plus en plus délaissée au profit des religions importées que sont le Christianisme et l´Islam. Parmi celles-ci, le Christianisme est la religion la plus répandue à travers ses différentes congrégations, notamment le Catholicisme pratiqué par 39,12% de la population, le Protestantisme 18,24%, le Christianisme Céleste 11,84%, les Chérubins, les Séraphins etc. L´Islam surtout est pratiquée par les étrangers regroupe 10,14% de la population.